MTs Negeri 2 Morotai di dirikan pada tahun 1990 dengan nama MTs Nurul Yaqin Sangowo.
Dasar Pendirian Madrasah
MTs Negeri 2 Morotai di dirikan atas dasar hasil musyawarah tokoh agama dan tokoh masyarakat yang ada di desa Sangowo. Karena pada tahun 1990 di Pulau Morotai baru terdapat 2 Kecamatan yakni Kecamatan Morotai Selatan dan Kecamatan Morotai Utara. Sebelum di dirikan MTs Negeri 2 Morotai di Sangowo, telah ada MTs Negeri 1 Morotai di Daruba Ibu Kota Kecamatan Morotai Selatan sehingga para alumni Madrasah Ibtidaiyah Sangowo dan SD Inpres yang beragama Islam melanjutkan Pendidikan ke MTs Negeri 1 Morotai yang pada saat itu masih bernama MTs Gotalamo. Jarak antara desa Sangowo dan Ibu Kota Kecamatan Morotai Selatan dimana MTs. N 1 Morotai berada sekitar 39 km.
Hasil musyawarah tokoh agama dan tokoh masyarakat di desa Sangowo tersebut yaitu Untuk mengurangi angka putus sekolah, alumni Madrasah Ibtidaiyah dan SD Inpres dapat melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi karna sebelum didirikan MTs. N 2 Morotai sebagian siswa tidak dapat melanjutkan pendidikan karena alasan jarak yang jauh dan alasan ekonomi. Atas dasar musyawarah tersebut, maka pada tahun 1990 didirikan MTs Nurul Yaqin Sangowo.
Perubahan Status Madrasah dan Nomenklatur
1. Tahun 1990 s/d 2008 Madrasah Tsanawiyah Nurul Yaqin Sangowo
2. Tahun 2009 MTs.Negeri Morotai Timur berdasarkan keputusan Menteri Agama RI nomor 43 tahun 2009
3. Tahun 2017 s/d sekarang MTs. Negeri 2 Morotai
Lutfi Ali Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin pertama pada tahun 1990 sampai 1992.
Kadim Pina Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin kedua pada tahun 1993 sampai 1996.
Drs. Abd. Rajak Lotar Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin ketiga pada tahun 1997 sampai 1998.
Drs. Syair Ali Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin keempat pada tahun 1999 sampai 2002.
Darman Manoma, S. Ag Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin kelima pada tahun 2002 sampai 2014
Abjan Sibua, S. Pd Kepala Sekolah (Kepsek) yang memimpin keenam pada tahun 2015 sampai sekarang.